Ο Διαχειριστής εκλέγεται από το Διοικητικό Συμβούλιο. Δεν αναφέρεται πουθενά κάτι σχετικό με την προέλευση του, πιθανόν να προέρχεται και από άλλο φορέα άλλα θα πρέπει να πληρώνεται από το συντονιστή (δηλαδή να εμφανίζει μια σχέση εργασίας ή υπεργολαβίας), γιατί η δαπάνη του συνιστά δαπάνη διαχείρισης που μπορεί να αιτιολογηθεί μόνο στις δαπάνες του συντονιστή. Ως υπεύθυνος έργου εάν εννοείται ο Υπεύθυνος πράξης στην ομάδα έργου είναι ξεκάθαρο από την ΚΥΑ που ορίζει το «Σύστημα Διαχείρισης, Αξιολόγησης, Παρακολούθησης Ελέγχου και Διαδικασία Εφαρμογής» ότι η ομάδα έργου ορίζεται από το συντονιστή εταίρο και σε ότι αφορά τη δαπάνη του ισχύουν τα ίδια με αυτά του Διαχειριστή.

Βάσει της ΚΥΑ:

Όργανα διοίκησης των Αναπτυξιακών Συμπράξεων είναι το Διοικητικό Συμβούλιο, ο Συντονιστής Εταίρος και ο Διαχειριστής.
Διοικητικό Συμβούλιο
…………….
Το Διοικητικό Συμβούλιο:
α) εκλέγει τον Διαχειριστή της Αναπτυξιακής Σύμπραξης,
…………….
Συντονιστής Εταίρος
Ο Συντονιστής εταίρος:
……………..
β) ορίζει ομάδα Έργου και έναν Υπεύθυνο Πράξης, ο οποίος έχει την ευθύνη για την υλοποίηση της Πράξης συνολικά,
………………
Ο Διαχειριστής

Ο Διαχειριστής της Αναπτυξιακής Σύμπραξης, φυσικό πρόσωπο, εκλέγεται από το Δ.Σ. με ομόφωνη απόφαση όλων των μελών, κατόπιν εισηγήσεως του εκπροσώπου του Συντονιστή Εταίρου. Ο Διαχειριστής:
………………